Nasce ad Urbino da Magia di Battista Ciarla e Giovanni Santi, pittore della corte di Federico da Montefeltro.
La data di nascita è incerta, in quanto calcolata a posteriori in base alla notizia che era nato il giorno della medesima ricorrenza festiva - il Venerdì Santo – della sua morte. La data dovrebbe dunque cadere il 28-29 marzo oppure il 6-7 aprile, a seconda del diverso computo della ricorrenza pasquale.

Il 10 dicembre Raffaello, che a diciassette anni figura già come “magister”, firma il contratto per la pala d’altare raffigurante l’Incoronazione di San Nicola da Tolentino per la chiesa di Sant’Agostino a Città di Castello, impegnandosi insieme con il collaboratore della bottega paterna Evangelista da Pian di Meleto. Il dipinto, prima opera documentata di Raffaello, fu in gran parte distrutto da un terremoto nel 1789.

Tra il 1502 e il 1503 Raffaello fornisce a Pinturicchio i disegni e i modelli per gli affreschi della libreria annessa al duomo di Siena raffiguranti gli episodi della vita di Pio II, al secolo Enea Silvio Piccolomini.
E’ possibile che in questo stesso periodo Raffaello si trovi a Siena.

Il 19 gennaio e nel mese di marzo Raffaello è documentato a Perugia, dove soggiornerà ripetutamente fino al 1505

Raffaello firma e data Lo Sposalizio della Vergine, dipinto per la cappella Albizzini in San Francesco a Città di Castello.
Il 12 gennaio risulta abitante a Perugia.

A questa data, stante la perduta iscrizione letta da Gustav Waagen (1794-1898), risultava eseguita la pala Colonna, per la chiesa di Sant’Antonio da Padova a Perugia; la medesima data compare sull’orlo della veste della Madonna Ansidei, dipinta per l’omonima cappella gentilizia nella chiesa di San Fiorenzo a Perugia.
Il 12 dicembre Raffaello e il perugino Berto di Giovanni firmano un contratto per l’Incoronazione della Vergine, destinata al convento francescano di Santa Maria di Monteluce presso Perugia.

La controversa lettura della data apposta sulla Madonna del prato oscilla tra queste due date

Raffaello firma e data la Sacra Famiglia con l’agnello e la Deposizione per la cappella Baglioni nella chiesa di San Francesco al prato a Perugia.
La presenza dell’artista nel Palazzo Ducale di Urbino l’11 ottobre del 1507 è documentata per l’acquisto di una casa in città.

La controversa lettura della data apposta sulla Belle Jardinière oscilla tra queste due date

Raffaello firma e data la Grande Madonna Cowper sulla scollatura della veste della Vergine.
E’ del 21 aprile la lettera - unico documento che attesta la presenza di Raffaello a Firenze – scritta allo zio Simone Ciarla, in cui l’artista si dice interessato alla commissione relativa alla decorazione di “una certa stanza” non ancora assegnata e probabilmente riferita all’incarico di Giulio II per la decorazione del suo appartamento nel Palazzo del Vaticano. Nella stessa missiva Raffaello chiede di ottenere, tramite Francesco Maria della Rovere, una lettera di raccomandazione a Pier Soderini, gonfaloniere di Firenze.

Il 13 gennaio firma la ricevuta di pagamento di 100 ducati per parte della decorazione di una stanza dell’appartamento papale.
E’ tuttavia probabile che Raffaello risieda a Roma già dalla seconda metà del 1508.

In una lettera del 12 luglio, inviata da Roma dall’ambasciatore di Mantova a Isabella d’Este, si afferma che Raffaello sta dipingendo per il papa due stanze del Palazzo Vaticano; si tratta della Stanza della Segnatura, completata entro l’anno, e della Stanza di Eliodoro, dipinta tra il 1511 e il 1514.
Il 4 ottobre Raffaello riceve la nomina di "Scriptor Brevium", che gli consente una migliore disponibilità economica.

Il 1 luglio Raffaello scrive allo zio Simone Ciarla, comunicandogli di aver iniziato a lavorare in un’altra stanza del Palazzo Vaticano, probabilmente la Stanza dell’Incendio.
Alla fine di luglio risale l’unico pagamento di cento ducati documentato per il completamento delle stanze papali.
Il primo agosto Raffaello viene ufficialmente nominato architetto di San Pietro, succedendo a Bramante, morto il 12 marzo.

E’ del 15 giugno il primo pagamento a Raffaello per i disegni degli arazzi destinati alla cappella Sistina; l’ultimo pagamento verrà registrato il 20 dicembre dell’anno seguente.
Il 27 agosto Raffaello viene nominato da Leone X supervisore degli scavi archeologici a Roma e nei dintorni. In questo modo Raffaello ha la possibilità di accedere per primo a tutte le pietre e ai marmi di scavo da utilizzare nel cantiere della nuova basilica di San Pietro.
L’8 novembre Raffaello acquista una casa nel rione Borgo, presso il Vaticano.

Da una lettera del 22 novembre inviata a Michelangelo da Leonardo Sellaio, agente del banchiere Pierfrancesco Borgherini, si apprende che Raffaello ha chiamato l’architetto fiorentino Antonio da Sangallo a collaborare alla costruzione di San Pietro.

In una ulteriore lettera del 19 gennaio Leonardo Sellaio scrive a Michelangelo a proposito della commissione del cardinale Giulio de’ Medici, che ha incaricato Raffaello e Sebastiano del Piombo della realizzazione di due dipinti per una cappella della cattedrale di Narbonne in Francia: Raffaello dipingerà la Trasfigurazione e Sebastiano del Piombo la Resurrezione di Lazzaro.

Raffaello firma e data il San Michele e la Sacra Famiglia con sant’Elisabetta, san Giovannino e angeli, la cui esecuzione spetta soprattutto alla numerosa e ben strutturata bottega.
Nel mese di marzo riceve un pagamento di 32 ducati per la decorazione della loggia privata di papa Leone X, che completerà con il consistente aiuto della bottega.
Il 5 agosto risultano in corso i lavori di costruzione di Villa Madama per il cardinale Giulio de’ Medici a Monte Mario.

Nel suo testamento del 28 agosto il celebre banchiere Agostino Chigi dispone che la cappella funeraria in Santa Maria del Popolo, all’epoca incompiuta, debba essere terminata sotto la direzione di Raffaello.

Nel mese di aprile Raffaello fa testamento lasciando, tra l’altro, 1.500 ducati per la decorazione di una cappella nel Pantheon, da destinare alla sua sepoltura.
Il 6 aprile, secondo la testimonianza di Marcantonio Michiel, scrittore e collezionista veneziano, Raffaello risulta essere gravemente ammalato.
Il giorno successivo, 7 aprile, lo stesso Michiel registra con cordoglio il decesso di Raffaello, avvenuto il giorno del Venerdì Santo, lo stesso del suo trentasettesimo compleanno.
La causa della morte di Raffaello rimane sconosciuta anche se è noto che venne preceduta da dieci giorni di febbre; secondo la testimonianza di Vasari, tuttavia, l’artista morì a causa di eccessi amorosi. La celebrazione funebre, celebrata con sfarzo nella basilica vaticana, vide accanto al feretro, la presenza della Trasfigurazione, ancora non del tutto completata.