Opera capitale per la comprensione del passaggio di Raffaello, da ottimo pittore umbro e poi fiorentino, al Raffaello 'romano', il grande pittore di storia, è sicuramente la celebre Deposizione di Cristo (Pala Baglioni).

Per questa particolare occasione, per la prima volta l’intera pala d’altare, con la ricostruzione della ancona lignea, è riunita in tutte le sue parti ed esposta accanto ai disegni preparatori.
L’opera, commissionata, secondo quanto riferisce Vasari, da Atalanta Baglioni, era quasi certamente destinata alla cappella funeraria che nel 1499 fu data in concessione a lei stessa, alla madre Angela e al figlio Grifonetto nella chiesa di San Francesco al Prato a Perugia, chiesa privilegiata dalle nobili famiglie perugine per le loro sepolture.
L’ancona originariamente collocata sull’altare era formata dalla grande tavola centrale quadrata, dalla cimasa in cui è raffigurato L'Eterno tra gli Angeli, di mano probabilmente di Alfani, da un fregio a quattro comparti impostato sulla parte superiore della cornice, e infine da una predella divisa in tre tavole rettangolari in cui sono raffigurate a monocromo le Virtù teologali, per un’altezza complessiva di circa cinque metri.

L’Eterno tra gli Angeli
Olio su tavola, 64,5 x 72 cm
Perugia, Galleria Nazionale dell’Umbria

Il dipinto, raffigurante Dio Padre benedicente a mezza figura, vestito di rosso, con lo sguardo basso rivolto verso sinistra e circondato da putti, è stato eseguito entro la prima metà del Cinquecento da Domenico Alfani, amico e collaboratore di Raffaello.

Studio per Dio Padre Benedicente
Penna e inchiostro bruno su carta
leggermente acquerellata
di bruno; tracce di sanguigna
al centro, 113 x 102 mm
Lille, Musée des Beaux-Arts

La posa è la medesima dell’Eterno benedicente. Non è da escludere che Raffaello avesse inizialmente progettato una cimasa più ampia, come indicherebbero le proporzioni suggerite dalla quadrettatura tratteggiata sul foglio.

Fregio raffigurante Putti e grifi
Tempera su tavola, 21 x 37;
21 x 55; 21 x 54,8; 21 x 36,5 cm
Perugia, Galleria Nazionale dell’Umbria

Nel fregio sono rappresentate quattro coppie di putti alati, seduti su teste di ariete, che offrono vasi con frutti a otto grifoni. Questi hanno una corona in capo e alludono o allo stemma di Perugia, o a Grifonetto Baglioni, il figlio di Atalanta Baglioni, la committente della Deposizione di Raffaello.
Il fregio, originariamente continuo, venne segato in quattro segmenti in epoca ignota e alcune parti sono andate perdute.

Speranza - Carità - Fede
Tempera su tavola, 18 x 44 cm ognuna
Roma, Musei Vaticani

Insolita per una predella è la scelta delle tre Virtù teologali. Tradizionalmente, in questo luogo ci si aspetterebbero scene figurative riguardanti il tema centrale dell’altare.
Le tavole della predella sono eseguite in grisaglia e imitano delle sculture; sono mantenute nei colori dell’avorio, il fondo mostra variazioni dal verde al marrone.
Ognuna delle figure delle virtù è inscritta in un tondo nell’ambito di una superficie quadrata. Essa tende ad arcuarsi e a divenire concava per dare spazio alle figure pseudoscolpite. Ai lati di ogni Virtù sono presenti degli angeli in finte nicchie, correlati in modo ricco di varianti alle figure principali.